Gerrit Groenhof

Aktiiviset JYU-affiliaatiot

Tutkimuskuvaus

'''Kaikki elollisten olentojen toiminnot voidaan selittää atomien liikkeillä'' (Richard Feynman). Tutkimukseni päämäärä on paitsi tarkkailla atomien liikettä, mutta myös hallita atomeja. Tämä on oleellista jos halutaan parantaa sairauksia tai nanoteknologiassa.'

Tieteenalat

Seurantakohteet

Hankkeet, joissa vastuullinen johtaja

  

  

  

1/2

  

  

  

• Exploring Chemistry under Vibrational Strong Coupling
  
  • Euroopan komissio
  01.09.2022-31.08.2024
• COCOA: Katalyyttien kontrollointi anionien avulla
  
  • Suomen Akatemia
  01.09.2021-31.08.2025
• Geenit vai ympäristö: Kuinka proteiinien ympäristö vaikuttaa niiden toimintaan
  
  • Suomen Akatemia
  01.09.2020-31.08.2024
• Kemian manipulointi tyhjiökentän avulla
  
  • Suomen Akatemia
  01.09.2019-31.08.2023
• Koodinkehitys Gaussian-pohjaisten QM/MM simulaatioiden ajoon periodisilla systeemeillä Gromacs -ohjelmalla
  
  • Suomen Akatemia
  20.06.2019-30.11.2019
• BioExcel-2
  Centre of Excellence for Computational Biomolecular Research
  
  • Euroopan komissio
  01.01.2019-30.06.2022
• Protoni-käyttöiset moottorit: Oppia biologiasta moniskaalamallinnuksen avulla
  
  • Suomen Akatemia
  01.09.2017-31.08.2021
• FluProCad: valmis ohjelmisto tietokoneavusteiseen fluoresoivien proteiinien suunnitteluun
  
  • Suomen Akatemia
  01.10.2016-30.09.2018
• Molekyylin kemian ohjaaminen pintaplasmonien avulla
  
  • Suomen Akatemia
  01.09.2015-31.08.2019
• Valokemian säätäminen: viritys dynamii/2
  
  • Suomen Akatemia
  01.09.2015-31.08.2017

Hankkeet, joissa on hanketiimin jäsen

Julkaisut ja muut tuotokset

  

  

  

3/5

  

  

  

• Accurate Three States Model for Amino Acids with Two Chemically Coupled Titrating Sites in Explicit Solvent Atomistic Constant pH Simulations and pKa Calculations (2017) Dobrev, Plamen; et al.; A1
• Cationic and Anionic Impact on the Electronic Structure of Liquid Water (2017) Yin, Zhong; et al.; A1; OA
• Dynamics of Strongly Coupled Modes between Surface Plasmon Polaritons and Photoactive Molecules: The Effect of the Stokes Shift (2017) Baieva, Svitlana; et al.; A1
• Dynamic Stabilization of the Ligand-Metal Interface in Atomically Precise Gold Nanoclusters Au68 and Au144 Protected by meta-Mercaptobenzoic Acid (2017) Tero, Tiia-Riikka; et al.; A1; OA
• Exploring Strategies for Labeling Viruses with Gold Nanoclusters through Non-equilibrium Molecular Dynamics Simulations (2017) Pohjolainen, Emmi; et al.; A1
• Multiscale Molecular Dynamics Simulations of Polaritonic Chemistry (2017) Luk, Hoi Ling; et al.; A1; OA
• Acid–Base Properties and Surface Charge Distribution of the Water-Soluble Au102(pMBA)44 Nanocluster (2016) Koivisto, Jaakko; et al.; A1
• A Unified AMBER-Compatible Molecular Mechanics Force Field for Thiolate-Protected Gold Nanoclusters (2016) Pohjolainen, Emmi; et al.; A1
• Charge-Neutral Constant pH Molecular Dynamics Simulations Using a Parsimonious Proton Buffer (2016) Donnini, Serena; et al.; A1
• Femtosecond structural dynamics drives the trans/cis isomerization in photoactive yellow protein (2016) Pande, Kanupriya; et al.; A1
• Hydrogen Bond Fluctuations Control Photochromism in a Reversibly Photo-Switchable Fluorescent Protein (2016) Morozov, Dmitry; et al.; A1; OA
• The Low Barrier Hydrogen Bond in the Photoactive Yellow Protein : A Vacuum Artifact Absent in the Crystal and Solution (2016) Graen, Timo; et al.; A1; OA
• The room temperature crystal structure of a bacterial phytochrome determined by serial femtosecond crystallography (2016) Edlund, Petra; et al.; A1; OA
• New QM/MM implementation of the DFTB3 method in the gromacs package (2015) Kubar, Tomás; et al.; A1
• Room temperature crystal structure of the fast switching M159T mutant of the fluorescent protein dronpa (2015) Kaucikas, Marius; et al.; A1