Protoni-käyttöiset moottorit: Oppia biologiasta moniskaalamallinnuksen avulla (PROTOMOT)
Päärahoittaja
Rahoittajan antama koodi/diaarinumero: 311031
Päärahoittajan myöntämä tuki (€)
- 473 050,00
Rahoitusohjelma
Hankkeen aikataulu
Hankkeen aloituspäivämäärä: 01.09.2017
Hankkeen päättymispäivämäärä: 31.08.2021
Tiivistelmä
Teknologisessa kehityksessä pyritään miniatyyrisointiin, ja lopulta koneet voivat saavuttaa molekyylien kokoluokan. Nanokokoisten koneiden käyttöön tarvitaan myös molekyyli -kokoluokan moottoreita. Tällaisten moottoreiden tulee toimia hyvin erilaisissa olosuhteissa kuin nykyisten, joten myös niiden suunnittelu eroaa merkittävästi nykyisestä. Hyvä esimerkki molekyylimoottoreista ovat moottoriproteiinit, joiden toiminnot ovat soluille elintärkeitä. Tässä projektissa tutkimme biologista nanomoottoria, ATPaasi entsyymiä, joka muuntaa kemiallisen energian vääntömomentiksi. Johtuen moottorin pienestä koosta ja sen osien erittäin nopeasta liikkeestä, on sen tutkiminen kokeellisesti erittäin vaikeaa. Tästä johtuen aiomme hyödyntää tietokonesimulaatioita selvittämään moottorin toimintaa atomitasolla. Näiden simulaatioiden tarjoamien uusien näkökulmien pohjalta tarkoituksenamme on suunnitella ja testata keinotekoisia nanomoottoreita, joiden toimintaperiaate on sama kuin ATPaasi entsyymillä.
Vastuullinen johtaja
Päävastuullinen yksikkö
Seurantakohteet
Liittyvät julkaisut ja muut tuotokset
- Overlay databank unlocks data-driven analyses of biomolecules for all (2024) Kiirikki, Anne M.; et al.; A1; OA
- phbuilder : A Tool for Efficiently Setting up Constant pH Molecular Dynamics Simulations in GROMACS (2024) Jansen, Anton; et al.; A1; OA
- Unraveling viral drug targets : a deep learning-based approach for the identification of potential binding sites (2024) Popov, Petr; et al.; A1; OA
- Molecular dynamics simulations of acids and bases in biomolecular environments (2023) Aho, Noora; G5; OA; 978-951-39-9504-1
- Best Practices in Constant pH MD Simulations : Accuracy and Sampling (2022) Buslaev, Pavel; et al.; A1; OA
- Scalable Constant pH Molecular Dynamics in GROMACS (2022) Aho, Noora; et al.; A1; OA
- Inverse Conformational Selection in Lipid–Protein Binding (2021) Bacle, Amélie; et al.; A1; OA
- A spontaneous mitonuclear epistasis converging on Rieske Fe-S protein exacerbates complex III deficiency in mice (2020) Purhonen, Janne; et al.; A1; OA
- Exploring fast proton transfer events associated with lateral proton diffusion on the surface of membranes (2019) Amdursky, Nadav; et al.; A1; OA
