A3 Kirjan tai muun kokoomateoksen osa
Construction of Metatranscriptomic Libraries for 5′ End Sequencing of rRNAs for Microbiome Research (2021)


Tiirola, M., & Mäki, A. (2021). Construction of Metatranscriptomic Libraries for 5′ End Sequencing of rRNAs for Microbiome Research. In A. Navid (Ed.), Microbial Systems Biology : Methods and Protocols (pp. 137-146). Humana Press. Methods in Molecular Biology, 2349. https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1585-0_7


JYU-tekijät tai -toimittajat


Julkaisun tiedot

Julkaisun kaikki tekijät tai toimittajat: Tiirola, Marja; Mäki, Anita

Emojulkaisu: Microbial Systems Biology : Methods and Protocols

Emojulkaisun toimittajat: Navid, Ali

ISBN: 978-1-0716-1584-3

eISBN: 978-1-0716-1585-0

Lehti tai sarja: Methods in Molecular Biology

ISSN: 1064-3745

eISSN: 1940-6029

Julkaisuvuosi: 2021

Ilmestymispäivä: 31.10.2021

Sarjan numero: 2349

Artikkelin sivunumerot: 137-146

Kirjan kokonaissivumäärä: 385

Kustantaja: Humana Press

Kustannuspaikka: New York

Julkaisumaa: Yhdysvallat (USA)

Julkaisun kieli: englanti

DOI: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1585-0_7

Julkaisun avoin saatavuus: Ei avoin

Julkaisukanavan avoin saatavuus: Julkaisukanava ei ole avoin


Tiivistelmä

Metatranscriptomic sequencing enables studying community-wide gene expression profiles of microbial samples and getting functional insight on their up- or downregulated pathways. However, shotgun sequencing is not the most efficient way to study expression of ribosomal RNA genes or to compare lot of samples in experimental setups. Here we describe an efficient primer-independent method for processing and barcoding libraries for directional sequencing of the 5′ end region of the RNA. When applying size selection of the original RNA, the method forms an optimal solution for the simultaneous analysis of bacterial, archaeal, and eukaryotic rRNA diversity.


YSO-asiasanat: mikrobisto; tutkimusmenetelmät; sekvensointi; RNA; transkriptomi

Vapaat asiasanat: RNA; metatranscriptomics; microbiomes; high-throughput; sequencing; NGS; SSU; rRNA


Liittyvät organisaatiot


Hankkeet, joissa julkaisu on tehty


OKM-raportointi: Kyllä

Raportointivuosi: 2021

JUFO-taso: 1


Viimeisin päivitys 2022-19-08 klo 19:56