A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Getting Docking into Shape Using Negative Image-Based Rescoring (2019)


Kurkinen, S. T., Lätti, S., Pentikäinen, O. T., & Postila, P. A. (2019). Getting Docking into Shape Using Negative Image-Based Rescoring. Journal of Chemical Information and Modeling, 59(8), 3584-3599. https://doi.org/10.1021/acs.jcim.9b00383


JYU-tekijät tai -toimittajat


Julkaisun tiedot

Julkaisun kaikki tekijät tai toimittajat: Kurkinen, Sami T.; Lätti, Sakari; Pentikäinen, Olli T.; Postila, Pekka A.

Lehti tai sarja: Journal of Chemical Information and Modeling

ISSN: 1549-9596

eISSN: 1549-960X

Julkaisuvuosi: 2019

Volyymi: 59

Lehden numero: 8

Artikkelin sivunumerot: 3584-3599

Kustantaja: American Chemical Society

Julkaisumaa: Yhdysvallat (USA)

Julkaisun kieli: englanti

DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.9b00383

Julkaisun avoin saatavuus: Avoimesti saatavilla

Julkaisukanavan avoin saatavuus: Osittain avoin julkaisukanava

Julkaisu on rinnakkaistallennettu (JYX): https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/65419


Tiivistelmä

The failure of default scoring functions to ensure virtual screening enrichment is a persistent problem for the
molecular docking algorithms used in the structure-based drug discovery. To remedy this problem, elaborate rescoring and post-processing schemes have been developed with a varying degree of success, specificity, and cost. The negative imagebased rescoring (R-NiB) has been shown to improve the flexible docking performance markedly with a variety of drug targets.The yield improvement is achieved by comparing the alternative docking poses against the negative image of the target protein’s ligand-binding cavity. In other words, the shape and electrostatics of the binding pocket is directly used in the similarity comparison to rank the explicit docking poses. Here, the PANTHER/ShaEP-based R-NiB methodology is tested with six popular docking software, including GLIDE, PLANTS, GOLD, DOCK, AUTODOCK, and AUTODOCK VINA, using five validated benchmark sets. Overall, the results indicate that the R-NiB outperforms the default docking scoring consistently and inexpensively; i.e., demonstrating that the methodology is ready for wide-scale virtual screening usage.


Vapaat asiasanat: drugs; molecular docking; PANTHER/ShaEP-based R-NiB methodology


Liittyvät organisaatiot


OKM-raportointi: Kyllä

VIRTA-lähetysvuosi: 2019

JUFO-taso: 1


Viimeisin päivitys 2024-12-10 klo 04:31