A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Real-time Fluorescence Measurement of Enterovirus Uncoating (2020)


Ruokolainen, V., Laajala, M., & Marjomäki, V. (2020). Real-time Fluorescence Measurement of Enterovirus Uncoating. Bio-protocol, 10(7), Article e3582. https://doi.org/10.21769/BioProtoc.3582


JYU-tekijät tai -toimittajat


Julkaisun tiedot

Julkaisun kaikki tekijät tai toimittajat: Ruokolainen, Visa; Laajala, Mira; Marjomäki, Varpu

Lehti tai sarja: Bio-protocol

eISSN: 2331-8325

Julkaisuvuosi: 2020

Volyymi: 10

Lehden numero: 7

Artikkelinumero: e3582

Kustantaja: Bio-protocol

Julkaisumaa: Yhdysvallat (USA)

Julkaisun kieli: englanti

DOI: https://doi.org/10.21769/BioProtoc.3582

Julkaisun avoin saatavuus: Ei avoin

Julkaisukanavan avoin saatavuus: 

Julkaisu on rinnakkaistallennettu (JYX): https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/68728

Lisätietoja: The authors used this protocol in:
Ruokolainen, V., Domanska, A., Laajala, M., Pelliccia, M., Butcher, S. J., & Marjomäki, V. (2019). Extracellular Albumin and Endosomal Ions Prime Enterovirus Particles for Uncoating That Can Be Prevented by Fatty Acid Saturation. Journal of virology, 93(17), e00599-19. https://doi.org/10.1128/JVI.00599-19


Tiivistelmä

Viruses need to open, i.e., uncoat, in order to release their genomes for efficient replication
and translation. Especially for non-enveloped viruses, such as enteroviruses, the cues leading to
uncoating are less well known. The status of the virus has previously been observed mainly by
transmission electron microscopy using negative staining, cryo electron microscopy, X-ray
crystallography or gradient separation (reviewed in Tuthill et al., 2010, Myllynen et al., 2016,
Ruokolainen et al., 2019). However, monitoring of uncoating has been limited by the lack of methods
detecting dynamic changes of the virions. Here, we present a real-time fluorescence based protocol,
which detects the viral genome (RNA) during various stages of uncoating in vitro, while RNA is still inside
the particle that has been expanded before the actual RNA release, and when the RNA has been totally
released from the viral particle. Our method allows to explore how various molecular factors may
promote or inhibit virus uncoating.


YSO-asiasanat: enterovirukset; infektiot; RNA; spektroskopia; fluoresenssi; tutkimusmenetelmät

Vapaat asiasanat: Picornavirus; Enterovirus; uncoating; genome; RNA; RNase; SYBR Green II; fluorescence spectroscopy


Liittyvät organisaatiot


OKM-raportointi: Kyllä

Raportointivuosi: 2020

JUFO-taso: 0


Viimeisin päivitys 2024-03-04 klo 21:26