A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Genomic analysis of European Drosophila melanogaster populations reveals longitudinal structure, continent-wide selection, and previously unknown DNA viruses (2020)
Kapun, M., Barrón, M. G., Staubach, F., Obbard, D. J., Wiberg, R. A. W., Vieira, J., Goubert, C., Rota-Stabelli, O., Kankare, M., Bogaerts-Márquez, M., Haudry, A., Waidele, L., Kozeretska, I., Pasyukova, E. G., Loeschcke, V., Pascual, M., Vieira, C. P., Serga, S., Montchamp-Moreau, C., . . . González, J. (2020). Genomic analysis of European Drosophila melanogaster populations reveals longitudinal structure, continent-wide selection, and previously unknown DNA viruses. Molecular Biology and Evolution, 37(9), 2661-2678. https://doi.org/10.1093/molbev/msaa120
JYU-tekijät tai -toimittajat
Julkaisun tiedot
Julkaisun kaikki tekijät tai toimittajat: Kapun, Martin; Barrón, Maite G.; Staubach, Fabian; Obbard, Darren J.; Wiberg, R. Axel W.; Vieira, Jorge; Goubert, Clément; Rota-Stabelli, Omar; Kankare, Maaria; Bogaerts-Márquez, María; et al.
Lehti tai sarja: Molecular Biology and Evolution
ISSN: 0737-4038
eISSN: 1537-1719
Julkaisuvuosi: 2020
Volyymi: 37
Lehden numero: 9
Artikkelin sivunumerot: 2661-2678
Kustantaja: Oxford University Press
Julkaisumaa: Yhdysvallat (USA)
Julkaisun kieli: englanti
DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msaa120
Julkaisun avoin saatavuus: Avoimesti saatavilla
Julkaisukanavan avoin saatavuus: Osittain avoin julkaisukanava
Julkaisu on rinnakkaistallennettu (JYX): https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/71675
Lisätietoja: Drosophila Real Time Evolution (Dros-RTEC) Consortium.
Tiivistelmä
Genetic variation is the fuel of evolution, with standing genetic variation especially important for short-term evolution and local adaptation. To date, studies of spatio-temporal patterns of genetic variation in natural populations have been challenging, as comprehensive sampling is logistically difficult, and sequencing of entire populations costly. Here, we address these issues using a collaborative approach, sequencing 48 pooled population samples from 32 locations, and perform the first continent-wide genomic analysis of genetic variation in European Drosophila melanogaster. Our analyses uncover longitudinal population structure, provide evidence for continent-wide selective sweeps, identify candidate genes for local climate adaptation, and document clines in chromosomal inversion and transposable element frequencies. We also characterise variation among populations in the composition of the fly microbiome, and identify five new DNA viruses in our samples.
YSO-asiasanat: mahlakärpäset; perimä; geneettinen muuntelu; populaatiogenetiikka
Liittyvät organisaatiot
Hankkeet, joissa julkaisu on tehty
- Vaihtoehtoisen silmikoinnin merkitys muuttuviin elinympäristöihin sopeutumisessa
- Kankare, Maaria
- Suomen Akatemia
OKM-raportointi: Kyllä
Raportointivuosi: 2020
JUFO-taso: 3