A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Genomic analysis of European Drosophila melanogaster populations reveals longitudinal structure, continent-wide selection, and previously unknown DNA viruses (2020)

Kapun, M., Barrón, M. G., Staubach, F., Obbard, D. J., Wiberg, R. A. W., Vieira, J., Goubert, C., Rota-Stabelli, O., Kankare, M., Bogaerts-Márquez, M., Haudry, A., Waidele, L., Kozeretska, I., Pasyukova, E. G., Loeschcke, V., Pascual, M., Vieira, C. P., Serga, S., Montchamp-Moreau, C., . . . González, J. (2020). Genomic analysis of European Drosophila melanogaster populations reveals longitudinal structure, continent-wide selection, and previously unknown DNA viruses. Molecular Biology and Evolution, 37(9), 2661-2678. https://doi.org/10.1093/molbev/msaa120

JYU-tekijät tai -toimittajat

Kankare, Maaria

Julkaisun tiedot

Julkaisun kaikki tekijät tai toimittajat: Kapun, Martin; Barrón, Maite G.; Staubach, Fabian; Obbard, Darren J.; Wiberg, R. Axel W.; Vieira, Jorge; Goubert, Clément; Rota-Stabelli, Omar; Kankare, Maaria; Bogaerts-Márquez, María; et al.

Lehti tai sarja: Molecular Biology and Evolution

ISSN: 0737-4038

eISSN: 1537-1719

Julkaisuvuosi: 2020

Volyymi: 37

Lehden numero: 9

Artikkelin sivunumerot: 2661-2678

Kustantaja: Oxford University Press

Julkaisumaa: Yhdysvallat (USA)

Julkaisun kieli: englanti

DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msaa120

Julkaisun avoin saatavuus: Avoimesti saatavilla

Julkaisukanavan avoin saatavuus: Osittain avoin julkaisukanava

Julkaisu on rinnakkaistallennettu (JYX): https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/71675

Lisätietoja: Drosophila Real Time Evolution (Dros-RTEC) Consortium.

Tiivistelmä

Genetic variation is the fuel of evolution, with standing genetic variation especially important for short-term evolution and local adaptation. To date, studies of spatio-temporal patterns of genetic variation in natural populations have been challenging, as comprehensive sampling is logistically difficult, and sequencing of entire populations costly. Here, we address these issues using a collaborative approach, sequencing 48 pooled population samples from 32 locations, and perform the first continent-wide genomic analysis of genetic variation in European Drosophila melanogaster. Our analyses uncover longitudinal population structure, provide evidence for continent-wide selective sweeps, identify candidate genes for local climate adaptation, and document clines in chromosomal inversion and transposable element frequencies. We also characterise variation among populations in the composition of the fly microbiome, and identify five new DNA viruses in our samples.

YSO-asiasanat: mahlakärpäset; perimä; geneettinen muuntelu; populaatiogenetiikka

Liittyvät organisaatiot

Hankkeet, joissa julkaisu on tehty

OKM-raportointi: Kyllä

Raportointivuosi: 2020

JUFO-taso: 3