A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Does Intraspecific Variation in rDNA Copy Number Affect Analysis of Microbial Communities? (2021)

Lavrinienko, A., Jernfors, T., Koskimäki, J. J., Pirttilä, A. M., & Watts, P. C. (2021). Does Intraspecific Variation in rDNA Copy Number Affect Analysis of Microbial Communities?. Trends in microbiology, 29(1), 19-27. https://doi.org/10.1016/j.tim.2020.05.019

JYU-tekijät tai -toimittajat

Lavrinienko, Anton
Jernfors, Toni
Watts, Phillip

Julkaisun tiedot

Julkaisun kaikki tekijät tai toimittajat: Lavrinienko, Anton; Jernfors, Toni; Koskimäki, Janne J.; Pirttilä, Anna Maria; Watts, Phillip C.

Lehti tai sarja: Trends in microbiology

ISSN: 0966-842X

eISSN: 1878-4380

Julkaisuvuosi: 2021

Volyymi: 29

Lehden numero: 1

Artikkelin sivunumerot: 19-27

Kustantaja: Elsevier

Julkaisumaa: Britannia

Julkaisun kieli: englanti

DOI: https://doi.org/10.1016/j.tim.2020.05.019

Julkaisun avoin saatavuus: Avoimesti saatavilla

Julkaisukanavan avoin saatavuus: Osittain avoin julkaisukanava

Julkaisu on rinnakkaistallennettu (JYX): https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/71026

Tiivistelmä

Amplicon sequencing of partial regions of the ribosomal RNA loci (rDNA) is widely used to profile microbial communities. However, the rDNA is dynamic and can exhibit substantial interspecific and intraspecific variation in copy number in prokaryotes and, especially, in microbial eukaryotes. As change in rDNA copy number is a common response to environmental change, rDNA copy number is not necessarily a property of a species. Variation in rDNA copy number, especially the capacity for large intraspecific changes driven by external cues, complicates analyses of rDNA amplicon sequence data. We highlight the need to (i) interpret amplicon sequence data in light of possible interspecific and intraspecific variation, and (ii) examine the potential plasticity in rDNA copy number as an important ecological factor to better understand how microbial communities are structured in heterogeneous environments.

YSO-asiasanat: mikrobit; mikrobisto; DNA-analyysi; ribosomit; DNA; RNA

Vapaat asiasanat: rRNA; copy number; amplicon sequencing; community dynamics

Tieteenalat: