A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
DNA recovery from Droplet Digital™ PCR emulsions using liquid nitrogen (2020)
Dutra, L., Franz, O., Puupponen, V.-M., & Tiirola, M. (2020). DNA recovery from Droplet Digital™ PCR emulsions using liquid nitrogen. Biotechniques, 69(9), 451-454. https://doi.org/10.2144/btn-2020-0076
JYU-tekijät tai -toimittajat
Julkaisun tiedot
Julkaisun kaikki tekijät tai toimittajat: Dutra, Lara; Franz, Ole; Puupponen, Veli-Mikko; Tiirola, Marja
Lehti tai sarja: Biotechniques
ISSN: 0736-6205
eISSN: 1940-9818
Julkaisuvuosi: 2020
Ilmestymispäivä: 26.10.2020
Volyymi: 69
Lehden numero: 9
Artikkelin sivunumerot: 451-454
Kustantaja: Future Science Ltd
Julkaisumaa: Britannia
Julkaisun kieli: englanti
DOI: https://doi.org/10.2144/btn-2020-0076
Julkaisun avoin saatavuus: Avoimesti saatavilla
Julkaisukanavan avoin saatavuus: Kokonaan avoin julkaisukanava
Julkaisu on rinnakkaistallennettu (JYX): https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/72402
Tiivistelmä
Droplet microfluidics is a technology that enables the production and manipulation of small volumes. In biosciences, the most popular application of this technology is Droplet Digital™ PCR (ddPCR™), where parallel nanoliter-scale PCR assays are used to provide a high sensitivity and specificity for DNA detection. However, the recovery of PCR products for downstream applications such as sequencing can be challenging due to the droplets' stability. Here we compared five methods for disrupting the droplets to recover DNA. We found that rapid freezing in liquid nitrogen results in a clear phase separation and recovery of up to 70% of the DNA content. Liquid nitrogen freezing can thus offer a simple and environmentally friendly protocol for recovering DNA from ddPCR.
YSO-asiasanat: biotekniikka; laboratoriotekniikka; mikrofluidistiikka; DNA
Vapaat asiasanat: amplicon recovery; breaking droplets; Droplet Digital™ PCR (ddPCR™); droplet microfluidics; emulsion PCR
Liittyvät organisaatiot
Hankkeet, joissa julkaisu on tehty
- Pysyviä nanomateriaaleja hajottavien mikrobien löytäminen - uusin isotooppi-menetelmin metagenomiikasta metafenomiikkaan
- Tiirola, Marja
- Suomen Akatemia
- Micro-RIP Functional analysis of uncultivated microbes using radioisotope probing
- Tiirola, Marja
- Euroopan komissio
- Toteutusmalli ja kaupallistamisvalmistelu personoidulle netstebiopsialle syövän terapiassa
- Tiirola, Marja
- Euroopan komissio
OKM-raportointi: Kyllä
VIRTA-lähetysvuosi: 2020
JUFO-taso: 1
