G5 Artikkeliväitöskirja
Studying factors that contribute to uncoating of enteroviruses (2020)

Ruokolainen, V. (2020). Studying factors that contribute to uncoating of enteroviruses [Doctoral dissertation]. Jyväskylän yliopisto. JYU dissertations, 302. http://urn.fi/URN:ISBN:978-951-39-8345-1

JYU-tekijät tai -toimittajat

Julkaisun tiedot

Julkaisun kaikki tekijät tai toimittajat: Ruokolainen, Visa

eISBN: 978-951-39-8345-1

Lehti tai sarja: JYU dissertations

eISSN: 2489-9003

Julkaisuvuosi: 2020

Sarjan numero: 302

Kirjan kokonaissivumäärä: 1 verkkoaineisto (61 sivua, 44 sivua useina numerointijaksoina)

Kustantaja: Jyväskylän yliopisto

Kustannuspaikka: Jyväskylä

Julkaisumaa: Suomi

Julkaisun kieli: englanti

Pysyvä verkko-osoite: http://urn.fi/URN:ISBN:978-951-39-8345-1

Julkaisun avoin saatavuus: Avoimesti saatavilla

Julkaisukanavan avoin saatavuus: Kokonaan avoin julkaisukanava

Tiivistelmä

Enterovirukset ovat pieniä ja vaipattomia viruksia, joiden perimä on polaarisuudeltaan positiivista, yksijuosteista RNA:ta. Ne aiheuttavat sairauksia, joiden oireet ovat yleensä lieviä, mutta infektio voi johtaa myös vakavampiin akuutteihin ja kroonisiin tulehduksiin, kuten aivokuumeeseen ja ykköstyypin diabetekseen. Enteroviruksia on tutkittu pitkään ja esimerkiksi poliovirus on hyvin tunnettu enterovirus. Virusten rakenne ja infektion kulku tunnetaan pääpiirteissään tarkkaan, mutta silti moni tärkeä yksityiskohta on vielä selvittämättä. Reseptoriin sitoutuminen tai alhainen pH aloittaa useilla enteroviruksilla avautumisprosessin. Usea B-tyypin enterovirus ei kuitenkaan reagoi näihin tekijöihin ja molekyylejä, jotka vapauttavat perimän välimuotoisesta partikkelista, ei tunneta. Puuttuvien tekijöiden tunnistaminen on tärkeää, ei pelkästään virusten elinkaaren tuntemiseksi, vaan myös antiviraalihoitojen mahdollistamiseksi. Tämä väitöskirja keskittyy B-ryhmän enterovirusten, echovirus 1:n ja coxsackievirus A9:n avautumiseen johtavien tekijöiden määrittelyyn ja niiden aiheuttamien muutosten tutkimiseen. Löysimme kahden fysiologisen tekijän, albumiin ja infektion aikana muuttuvien ioniolosuhteiden, aiheuttavan muutoksen natiivista viruksesta välimuotoiseksi partikkeliksi. Lisäksi tietyt muutokset ioniolosuhteissa johtivat virusten perimän vapautumiseen. Tutkitut tekijät aiheuttivat viruksissa muutoksia, joita on havaittu myös toisten enterovirusten välimuotoisilla partikkeleilla. Lisäksi ionit ja albumiini saivat aikaan keskenään erilaisen muutoksen coxsackievirus A9:n rakenteessa siten, että albumiini aiheutti vakaamman välimuodon, kun taas ionit aiheuttivat lähempänä perimän vapautumista olevan muodon. Tutkimuksen kolmannessa osassa pyrimme kehittämään uusia elävien solujen infektiossa käytettäviä fluoresoivia merkkiaineita. Ratkaisimme paljon käytetyn kaupallisen SYBR green II:n merkkiaineen rakenteen, paransimme sen fluoresenssikykyä, kehitimme siitä eri kemiallisiin ryhmiin liitettäviä muotoja ja totesimme sen toimivuuden viruksen avautumiskokeissa.

YSO-asiasanat: enterovirukset; ECHO-virukset; infektiot; solufysiologia; albumiinit; ionit; merkkiaineet; fluoresenssimikroskopia

Vapaat asiasanat: albumin; enterovirus uncoating; fluorescence measurement; genome release; intercalating fluorophore; intermediate particle; ions

Liittyvät organisaatiot

OKM-raportointi: Kyllä

Raportointivuosi: 2020