DNA sequence baits targeting ultra-conserved elements in marine invertebrates

Petersen, Haidi; Knott, Emily; Banta, Gary; Winding Hansen, Benni. (2022). DNA sequence baits targeting ultra-conserved elements in marine invertebrates . V. 1.10.2021. University of Jyväskylä. https://doi.org/10.17011/jyx/dataset/80617.

Kaikki tekijät: Petersen, Haidi; Knott, Emily; Banta, Gary; Winding Hansen, Benni

Rahoittajat: Bio- ja ympäristötieteiden laitos; Matematiikan ja tilastotieteen laitos

Oikeudenhaltijat: 

Saatavuus ja tunnisteet

Saatavuustieto: Ladattavissa verkosta

Aineiston julkaisuvuosi: 2022

URN-tunniste alkuperäisessä julkaisupaikassa: http://urn.fi/URN:NBN:fi:jyu-202204202301

DOI-tunniste alkuperäisessä julkaisupaikassa: https://doi.org/10.17011/jyx/dataset/80617

URN-tunniste JYXissä: http://urn.fi/URN:NBN:fi:jyu-202204202301

DOI-tunniste JYXissä: https://doi.org/10.17011/jyx/dataset/80617

Aineiston kuvailu

Kuvaus: This dataset includes four files of DNA sequence baits targeted to ultra-conserved elements (UCEs) identified from four different taxonomic groups of marine invertebrates: Annelida, Bivalvia, Gastropoda and Crustacea. UCE loci are genomic regions of high conservation that can be found throughout the genomes that can be extracted from the genome and sequenced for use in phylogenetic, phylogeographic and population genetic analyses. The UCE loci were located by aligning a minimum of five species’ genomes to a base genome in each taxonomic group and searching for overlapping highly conserved areas. The UCE baits were designed with screening coverage of 4X using the pipeline phyluce v. 1.6.6 (https://github.com/faircloth-lab/phyluce; Faircloth 2015). The analysis generated 3316 baits for 590 conserved loci in annelids, 4110 baits for 519 loci in bivalves, 25547 baits for 4367 loci in gastropods and 27545 baits for 3755 conserved loci in crustaceans. A final set of 3000 baits per taxonomic group (12000 baits in total) was created by Arbor Biosciences (Ann Arbor, MI, USA, arborbiosci.com) using their myBaits probe design support. For more detailed documentation, see the downloadable dataset description file.

Aineiston kieli: englanti

Vapaat asiasanat: populaatiogenetiikka, biogeografia, Itämeri, pohjaeläimet, selkärangattomat, ultrakonservoituneet elementit, DNA-koettimet, DNA-hybridisaatio

YSO-asiasanat: eläinkannat; DNA; risteytyminen; perimä

Tieteenalat : 1181 Ekologia, evoluutiobiologia; 1184 Genetiikka, kehitysbiologia, fysiologia; 1172 Ympäristötiede

Seurantakohteet: Ekologia ja evoluutiobiologia (Bio- ja ympäristötieteiden laitos BIOENV) EKO

Käsitteletkö erityisiä henkilötietoryhmiä tutkimuksessasi?: Ei